El 8 de abril de 1263, treinta y dos años después de su muerte, presente el Ministro General, San Buenaventura, el cuerpo del Santo fue trasladado a la nueva basílica, y colocado bajo la cúpula central. Cuando se abrió el sarcófago se encontró, incorrupta la lengua del Santo, lo que hizo exclamar a San Buenaventura: "Oh, lengua bendita, que siempre bendijiste al Señor, e hiciste que tantos otros lo bendijeran, ahora queda demostrado cuántos méritos has adquirido ante Dios".
La lengua fue separada del resto de las reliquias y colocada en un relicario aparte, donde aún hoy se conserva. Como dato curioso, los frailes más ancianos de la basílica recuerdan como hasta el tiempo de la segunda guerra mundial, la lengua se conservaba roja y fresca. Por miedo a los bombardeos, la lengua fue sacada del relicario y puesta entre dos cristales y cuidadosamente sellada para esconderla y protegerla. Parece ser que al Santo no le gustó mucho la falta de confianza de sus hermanos de hábito. De hecho, no cayó ninguna bomba sobre la basílica. Pasada la guerra, cuando se trajo la lengua ya no era roja, sino oscura y rígida y, al quitarle los cristales, se enrolló. Ante la tristeza de los frailes, el Ministro provincial pidió, a los "frailecitos" (jóvenes que se preparaban en el seminario menor de la Orden), hacer una novena para que se pudiera reponer en el relicario. La oración fue escuchada y, al final de la novena, se pudo poner, enhiesta en su lugar de siempre.
