Las ideas que defiende, contrarias a la ideología católica actual, acabarían dictando también su encarcelamiento, acusado de blasfemia herética . Sufrió la acción de la Inquisición en varias ocasiones, donde, encarcelado en Limoeiro, sufrió actos de tortura física y psicológica.
En Madeira , como en el resto del país, la masonería y sus elementos fueron tenazmente perseguidos. D. María I , había ordenado, a través del ministro José de Seabra da Silva , que se instaurara el ataque a la intrusión de ideas perniciosas, apuntando, sobre todo, a los masones que ya habían atormentado a sus antecesores en el trono. Uno de los más activos en el escrupuloso cumplimiento de esta orden fue el obispo de Funchal, D. José da Costa Torres .
Francisco Álvares de Nóbrega es sospechoso y acusado de pertenencia a la masonería, incluso confesando su ingreso a esta sociedad secreta, aunque bajo coacción física y psicológica. Esta progresiva sociedad secreta basada en el pensamiento libre y la tolerancia, que apunta al desarrollo espiritual del hombre y la construcción de una sociedad más libre, más justa e igualitaria, puede haber atraído al poeta que, ya en Lisboa , se adhirió a ella.
Desafortunadamente, quedan pocos rastros de su obra. La mayor parte habrá sido destruida por la Inquisición para evitar la propagación de las ideas contenidas en él. Lo que queda, sin embargo, es más que suficiente para demostrar la calidad del poeta.
Sus poemas, al menos los que resistieron la acción de la Santa Inquisición, han llegado a nuestro tiempo en forma de un compendio de composiciones poéticas titulado Rimas. El poeta, tras pasar los últimos años de su vida retocando y mejorando la obra, se los ofrece a su amigo y protector, Manuel José Moreira Pinto Baptista. La primera edición de la obra data de 1804 y, como se desprende de la inscripción de la propia portada, está dedicada “en señal de reconocimiento” al librero Manuel José Moreira Pinto Baptista.
