“En Cafarnaún,la casa del príncipe de los apóstoles ha sido convertida en Iglesia, y sus paredes están como entonces”. Esto indica que lareforma respetó la estructura original primitiva.
En la investigación aparecieron gran cantidad de fragmentos con restos de dibujo policromo y cantidad de grafitos en griego, arameo, latín,…, que demuestran el carácter cristiano de la casa de Pedro. La 3ª fase se corresponde con la iglesia octogonal de mediados del siglo V, construida sobre la casa de Pedro.
Tenía un templete central sobre el lugar de culto de la fase anterior y un pórtico exterior abierto que la circundaba por cinco de sus lados. El extremo oriental terminaba en un arco y ábside dentro del cual pueden verse restos del baptisterio. El pavimento era de mosaico, destacando el del octógono interior, que representa un pavo real.
